工程中心实验室实行河南大学领导下的主任负责制，主任负责实验室的全面工作。实验室主任提名，依托单位任命2～3名副主任，协助主任工作，并负责实验室的日常管理。实验室组织结构主要包括：实验室主任办公室、实验室管理办公室、实验室学术委员会，及实验室研究单元。

工程中心实验室管理办公室：根据实验室运行的实际要求，对人、财、物、网络、科研、教学及社会服务等进行日常管理。

实验室学术委员会：决定实验室的研究方向、开放基金和重大科研项目。学术委员会每年至少召开一次会议，讨论实验室的发展方向、发展规划及建议。任命学术委员会秘书，负责与学术委员会成员的联络。

工程中心实验室研究单元包括：

地理数据集成与共享研究室：重点研究黄河中下游多尺度资源环境数据集成与数据资源开发、虚拟地理环境可视化、网络数据共享与服务。

地理信息系统应用研究室：重点研究空间数据分析、地理建模与空间优化，研发地理信息软件工具，拓展地理信息技术的行业应用。

农村信息化研究中心：研究基于3S技术的农村农业信息化数据资源开发、数据平台建设，研发河南省农村农业信息服务与决策支持系统。

景观生态研究室：以黄河中下游典型地区的景观生态系统为对象，重点研究该地区景观格局及其地理—生态过程、不同景观生态系统之间及同一景观生态系统内不同功能模块之间相互作用的机理。

水土污染与环境变化研究室：依托定量遥感、环境分析与GIS技术，开展黄河中下游自然环境演变和污染物在“水-土-人”系统中的迁移转化规律及其风险研究。

黄河下游水沙与水环境研究室：建立黄河下游水沙与水环境的数字模拟平台，探索黄河中下游水沙资源与沿岸旱涝时空规律与灾害风险评估，探索下游水环境演变、引黄灌淤、泥沙利用规律及水沙资源优化配置，开展河流两岸水环境规划、水污染防治与生态修复应用研究。

空间经济研究室：从企业、农户的微观经济行为视角，以空间综合手段解释、分析、模拟和预测区域性的空间经济、资源环境与产业发展问题。

城市与区域研究室：建立中原经济区城市-区域基础地理与社会经济地理信息系统，从城市、土地、生态的角度研究中原城市群空间整合模式和规划方案。